Anthropic a annoncé cette semaine que son modèle Claude avait repéré, seul, un système enzymatique inconnu dans l’ADN de bactériophages, aux allures de cousin de CRISPR. La fonction de ce système reste à établir. Mais l’épisode relance un débat plus ancien et plus concret pour le continent africain. En effet, la recherche biologique assistée par l’IA va-t-elle rapprocher l’Afrique des outils d’édition génétique, ou reproduire les inégalités d’accès déjà connues avec CRISPR ?
Le 23 septembre, Anthropic a dévoilé l’existence d’un laboratoire de recherche en sciences biologiques et présenté son premier résultat. Des agents Claude ont passé un peu plus de 21 heures à parcourir une base de données regroupant près de 1,9 milliard de familles de protéines, avant d’isoler un ensemble baptisé ART (array-associated reverse transcriptase). Il associe une enzyme copiant l’ARN en ADN, un gène partenaire de fonction inconnue, et une séquence répétée qui rappelle la structure de CRISPR.
L’entreprise le précise elle-même : rien ne prouve à ce stade que ce système permette d’éditer des gènes. Feng Zhang, l’un des chercheurs à l’origine des applications de CRISPR, a salué une piste « intrigante » qui mérite d’être creusée, sans aller plus loin.Si le résultat scientifique proprement dit reste modeste, ce qui retient davantage l’attention, c’est la méthode. En effet, un modèle d’IA démontre qu’il est capable de repérer un motif que personne n’avait relié auparavant dans une masse de données que des chercheurs humains n’auraient pas pu explorer intégralement, .
Le précédent CRISPR, et son bilan mitigé sur le continent
C’est ce précédent qui donne du poids à la question africaine. Depuis l’homologation des premières thérapies CRISPR contre la drépanocytose, la maladie génétique la plus répandue en Afrique, où vivent selon l’OMS plus des deux tiers des patients recensés dans le monde, le continent reste largement à l’écart de ces traitements. Le coût d’une thérapie comme Casgevy, plusieurs centaines de milliers de dollars par patient, la tient hors de portée des systèmes de santé africains, malgré une charge de la maladie qui touche environ un millier de nouveau-nés chaque jour selon les estimations disponibles.
Le constat n’est pas propre à la santé humaineet en agriculture par exemple, CRISPR a pourtant déjà montré ce qu’il pouvait apporter localement. Ainsi des variétés de bananiers protégées contre le flétrissement bactérien en Afrique de l’Est, des plantains rendus résistants à un virus latent en Afrique de l’Ouest, des travaux en cours au Maroc sur des cultures plus tolérantes à la sécheresse. Une synthèse publiée dans Scientific African relève que ces avancées existent, mais qu’elles restent freinées par des cadres réglementaires disparates d’un pays à l’autre, des infrastructures de recherche insuffisantes et un déficit chronique de financement local.
Ce qu’une découverte pilotée par l’IA change, ou ne change pas
Si un système comme ART devait un jour déboucher sur un outil d’édition génétique concurrent de Cas9, la promesse mise en avant par certains chercheurs serait celle d’un coût de découverte réduit. En effet, une IA capable d’explorer des bases de données publiques à grande échelle pourrait, en théorie, faire émerger des pistes que seuls les laboratoires les mieux dotés pouvaient auparavant se permettre de chercher. Dario Amodei, le directeur général d’Anthropic, a d’ailleurs présenté cette annonce comme une étape vers une recherche biologique où l’IA « accompagne » les scientifiques à chaque étape.
Mais cette promesse ne résout en rien les obstacles identifiés de longue date par les chercheurs africains eux-mêmes. Trouver une nouvelle enzyme dans une base de données ne suffit pas à bâtir une filière et il faut ensuite des laboratoires capables de la caractériser, des autorités de régulation formées pour évaluer les produits qui en découlent, et des financements pour porter une découverte jusqu’à un usage clinique ou agricole. Rien, dans l’annonce d’Anthropic, ne touche à ces conditions-là. Le laboratoire où l’enzyme a été validée expérimentalement se trouve dans la baie de San Francisco, pas sur le continent qui porterait le plus directement bénéfice d’un futur outil applicable à la drépanocytose.
Une fenêtre à saisir, plutôt qu’une promesse à attendre
L’enjeu, pour les acteurs africains de la recherche et de la santé publique, n’est donc probablement pas de suivre de près chaque nouvelle annonce d’un laboratoire d’IA nord-américain. Il est plutôt de se demander si les mêmes outils d’analyse par IA, aujourd’hui utilisés pour fouiller des bases de données génomiques mondiales, pourraient être mobilisés localement pour accélérer des recherches déjà engagées sur des pathologies ou des cultures propres au continent.
Certains programmes, comme ceux menés à l’Université Mohammed VI Polytechnic au Maroc, montrent qu’une recherche génomique africaine autonome existe déjà. La question posée par la découverte de Claude n’est donc pas seulement scientifique. Elle porte sur qui aura les moyens de transformer une capacité de calcul en capacité de recherche.
