Le virus du riz démasqué

La panachure jaune du riz a été démasquée. En trois dimensions. Avec ses points forts et ses faiblesses. Désormais le vilain virus qui détruit les exploitations rizicoles africaines a du souci à se faire. Voyage dans l’infiniment petit, à la recherche d’un ennemi invisible.

Pour combattre l’ennemi, encore faut-il le voir. Le très militaire adage s’applique volontiers à la recherche. Comme tendent à le confirmer les scientifiques avec l’identification d’un virus qui ravage les plantations de riz en Afrique de l’Est et de l’Ouest. Des chercheurs de l’Institut de recherche pour le développement (IRD) ont en effet réussi à reconstituer le virus de la panachure jaune du riz en trois dimensions. Cette première scientifique met en évidence une structure de l’enveloppe virale inconnue à ce jour. Elle va permettre de mieux connaître les interactions moléculaires entre le virus et la plante. Formidable, car  » pour qu’il se développe, le virus doit passer par un certain nombre d’étapes. A chacune d’elles il lui faut trouver dans la plante des facteurs hôtes qui lui permettent d’investir les cellules. Désormais on peut envisager des mutations sur les protéines qui interagissent sur la plante « , explique Christophe Brugidou, de l’unité de recherche  » Génomique du riz  » de l’IRD de Montpellier.

Le tour de force de Christophe Brugidou et son équipe n’a pas été sans mal. Avant de reconstituer en trois dimensions et en vingt-huit centièmes de nanomètres, la structure du virus, les chercheurs se sont attachés à créer des modélisations. Ils ont ensuite réalisé des prises de vues 100 fois plus fines à la crymicroscopie dite électronique. C’est à partir de ces clichés qu’ils ont pu obtenir une première image en trois dimensions, avec une résolution de trois nanomètres. Mais à cette échelle, on ne discerne toujours pas la structure des protéines incriminées. Pour parvenir à leurs fins les chercheurs ont donc utilisé la diffraction par rayon X afin d’obtenir la structure atomique à l’échelle de vingt-huit centièmes de nanomètres.

Incroyable stabilité

C’est à ce stade infime qu’ils ont réussi à faire une autre découverte qu’ils revendiquent aujourd’hui. En effet, depuis sa découverte en 1966, la panachure jaune (ou Rice yellow mottle) déroute les spécialistes par son étonnante stabilité, dans un environnement hostile. Comment expliquer en effet que ce virus, transmis par des coléoptères, prolifère en dépit de conditions parfois très défavorables comme les tissus vasculaires de la plante, la qualité du sol ou les redoutables mandibules de l’insecte ? Réponse : des sous unités de l’enveloppe (ou capsides) du virus sont étroitement liées les unes aux autres grâce à un échange de la partie interne de la capside :  » Imaginez une file de personnes les bras croisés. Facile de la briser en bousculant les gens. Mais si ceux-ci, tout en croisant les bras, se tiennent les mains gauches et droites, cela devient plus difficile, explique Christophe Brugidou. Nous avons affaire à un virus qui compense ses voies de transmission aléatoires par une organisation complexe d’unités qui s’emboîtent, de façon solidaire, renforçant la structure « .

Interférences moléculaires entre la plante et le virus, capsides très résistantes : ces deux découvertes vont servir de base aux futures recherches qui tenteront de mettre à jour, par une série de tris, des souches résistantes.  » Résistantes, et non pas tolérantes, explique Christophe Brugidou. Sinon on risque de créer des usines à virus qui ne manqueront pas de revenir en force dès que les conditions seront réunies « .